Les autres villes sont acceptées sous leur forme courte car elles étaient nommées ainsi par le passé. Lons-le-Saunier s'appelait Ledo Salinarius en latin, soit "Ville du sel". Lons, dérivé de Ledo, signifie donc simplement ville.
C'est vrai que c'est litigieux, mais la ville a été connue sous les noms de Burgo, Burg, Bore, Borg et Bourg de 1187 à 1955 avant que son nom ne soit francisé pour donner "Bourg-en-Bresse". Notons que dans les parlers locaux (arpitan/francoprovençal) la ville s'appelle simplement Bôrg, qui était encore le nom officiel il y a 80 ans. On a tendance à l'oublier, mais à cette époque le français n'était parlé que dans une petite portion du territoire...