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1.
2004年3月13日
JR東日本常磐線
川尻駅が十王駅に改称
多賀郡十王町:2004年11月1日 日立市に編入
2.
2004年3月13日
JR九州鹿児島本線
八代駅~川内駅間が肥薩おれんじ鉄道に移管
葦北郡田浦町:2005年1月1日 芦北町と合併、芦北町に
3.
2004年3月13日
JR九州鹿児島本線
八代駅~川内駅間が肥薩おれんじ鉄道に移管
出水郡高尾野町/野田町:2006年3月13日 出水市と合併、出水市に
4.
2004年3月13日
JR九州鹿児島本線
八代駅~川内駅間が肥薩おれんじ鉄道に移管
川内市:2004年10月22日 薩摩郡樋脇町、入来町、東郷町、祁答院町、里村、上甑村、下甑村、鹿島村と合併、薩摩川内市に
5.
2004年3月13日
近江鉄道本線
河辺の森駅が開業
八日市市:2005年2月11日 愛知郡愛東町、湖東町、神崎郡永源寺町、五個荘町と合併、東近江市に
6.
2004年3月19日
大井川鐵道大井川本線
(仮)横岡駅の営業終了
榛原郡金谷町:2005年5月5日 島田市と合併、島田市に
7.
2004年4月1日
名古屋鉄道三河線
碧南駅~吉良吉田駅間が廃止
幡豆郡一色町:2011年4月1日 西尾市に編入
8.
2004年4月1日
三岐鉄道北勢線
大泉東駅・長宮駅を廃止統合し大泉駅開業、六石駅廃止
員弁郡北勢町/員弁町:2003年12月1日 大安町、藤原町と合併、いなべ市に
9.
2004年7月1日
北総開発鉄道北総・公団線
社名が変更され北総鉄道北総線に
印旛郡印旛村:2010年3月23日 印西市に編入
10.
2004年12月19日
JR西日本加古川線
全線電化
加東郡滝野町:2006年3月20日 社町、東条町と合併、加東市に
11.
2004年12月19日
JR西日本加古川線
全線電化
多可郡黒田庄町:2005年10月1日 西脇市と合併、西脇市に
12.
2004年12月19日
JR西日本加古川線
全線電化
氷上郡山南町:2004年11月1日 柏原町、氷上町、青垣町、春日町、市島町と合併、丹波市に
13.
2005年1月29日
名古屋鉄道犬山線
徳重駅が徳重・名古屋芸大駅に改称
西春日井郡西春町:2006年3月20日 師勝町と合併、北名古屋市に
14.
2005年3月1日
JR西日本山陰本線
城崎駅が城崎温泉駅に改称
城崎郡城崎町:2005年4月1日 豊岡市、竹野町、日高町、出石郡出石町、但東町と合併、豊岡市に
15.
2005年3月1日
肥薩おれんじ鉄道肥薩おれんじ鉄道線
たのうら御立岬公園駅が開業
葦北郡田浦町:2005年1月1日 芦北町と合併、芦北町に
16.
2005年4月1日
のと鉄道能登線
全線廃止
鳳至郡能都町/珠洲郡内浦町:2005年3月1日鳳至郡柳田村と合併、鳳珠郡能登町に
17.
2005年4月1日
名古屋鉄道揖斐線
全線廃止
本巣郡真正町:2004年2月1日 本巣町、糸貫町、根尾村と合併、本巣市に
18.
2005年8月24日
つくばエクスプレス
全線開業
筑波郡伊奈町:2006年3月27日 谷和原村と合併、つくばみらい市に
19.
2006年3月18日
会津鉄道会津線・野岩鉄道会津鬼怒川線
会津高原が会津高原尾瀬口駅に改称
南会津郡田島町:2006年3月20日 舘岩村、伊南村、南郷村と合併、南会津町に
20.
2006年3月18日
野岩鉄道会津鬼怒川線
中三依駅が中三依温泉駅に、上三依塩原駅が上三依塩原温泉口駅に改称
塩谷郡藤原町:2006年3月20日 日光市、今市市、栗山村、上都賀郡足尾町と合併、日光市に
21.
2006年4月1日
長良川鉄道越美南線
半在駅が八坂駅に改称
郡上郡美並村:2004年3月1日 八幡町、大和町、白鳥町、高鷲村、明宝村、和良村と合併、郡上市に
22.
2006年4月1日
南海電気鉄道貴志川線
和歌山電鐵に譲渡
那賀郡貴志川町:2005年11月7日 打田町、粉河町、那賀町、桃山町と合併、紀の川市に
23.
2006年4月1日
三岐鉄道北勢線
上笠田駅が廃止
員弁郡員弁町:2003年12月1日 北勢町、大安町、藤原町と合併、いなべ市に
24.
2006年4月1日
一畑電気鉄道全線
一畑電車に移管
平田市:2005年3月22日 出雲市、簸川郡佐田町、多伎町、湖陵町、大社町と合併、出雲市に
25.
2006年4月21日
樽見鉄道樽見線
モレラ岐阜駅が開業
本巣郡糸貫町:2004年2月1日 真正町、本巣町、根尾村と合併、本巣市に
26.
2006年9月24日
JR西日本湖西線・北陸本線
永原駅~近江塩津駅・長浜駅~敦賀駅が直流化
東浅井郡虎姫町/湖北町/伊香郡高月町/木之本町/余呉町/西浅井町
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東浅井郡虎姫町/湖北町/伊香郡高月町/木之本町/余呉町/西浅井町:2010年10月1日 長浜市に編入
27.
2006年12月1日
神岡鉄道神岡線
全線廃止
吉城郡神岡町:2004年2月1日 古川町、河合村、宮川村と合併、飛騨市に