Флаги городов федерального значения России

Кроме того, согласно Соглашению между Российской Федерацией и Республикой Казахстан (от 23 декабря 1995 года), статусом, соответствующим городу федерального значения Российской Федерации, в отношениях с Российской Федерацией на период аренды ею комплекса космодрома Байконур (до 2050 года) наделяется город Байконур (город областного подчинения Кызылординской области Республики Казахстан, однако частью России он при этом не является — договор прямо определяет город как административную единицу Казахстана, хотя и функционирующую в условиях аренды.

В феврале — марте 2014 года была осуществлена аннексия Крыма Российской Федерацией, Севастополь был объявлен российскими властями городом федерального значения. Аннексия Крыма не получила признания со стороны Украины и большинства других стран-членов ООН.